Do dnia 31.12.1998 r. gmina Kotuń była położona w centralnej części byłego woj. siedleckiego, w siedleckim rejonie administracyjnym. Od 1.01.1999 roku, w związku z wejściem w życie nowego podziału administracyjnego kraju, gmina Kotuń znajduje się w nowo utworzonym powiecie siedleckim, należącym do woj. mazowieckiego. Od zachodu graniczy z gminami Mrozy i Kałuszyn, od północy z gm. Grębków i Mokobody, od wschodu z gm. Siedlce oraz od południa z gm. Skórzec i (na bardzo krótkim odcinku) z gm. Wodynie. Położenie gminy należy uznać za wyjątkowo korzystne. Bezpośrednie sąsiedztwo z ośrodkiem do niedawna o randze wojewódzkiej, a obecnie siedzibą powiatu, przebieg głównych krajowych i międzynarodowych tras komunikacyjnych w kierunku wschód-zachód, linii energetycznych i gazociągu wysokiego ciśnienia, stworzyły bardziej korzystne warunki rozwoju tej gminy.